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按照微生物對能源物質和碳源物質的利用情況不同，可將其分為以下4種：光能自養型、光能異養型、化能自養型和化能異養型。

   1、光能自養型

      光能自養型微生物以光為能源，利用二氧化碳或碳酸鹽作為碳源，以水或還原態無機物作為供氫體同化二氧化碳，常見的光能自養型微生物有藻類、藍細菌和大多數光合細菌等。

  2、光能異養型

   光能異養型微生物以光為能源，利用簡單有機物（如有機酸、醇等）為供氫體來同化二氧化碳。紫色非硫細菌，如紅微菌屬等即是這種營養類型。有機物在這里除用作氫或電子供體外，也可被直接同化利用。

  3、化能自養型

    化能自養型微生物的能量來自于還原態無機化合物氧化所產生的化學能，碳源是二氧化碳或碳酸鹽，可在*是無機物的環境中生長。常見的化能自養型微生物包括硝化細菌、硫化細菌、鐵細菌合氫細菌等。

  4、化能異養型

    化能異養型微生物以有機物為能源和碳源，氮源可以是無機的，也可以是有機的。這類微生物的種類和數量都很多，包括絕大多數細菌和放線菌、幾乎全部的真菌和原生動物以及病毒等。